Disc 1:
Episode 1 - Der Anfang vom Ende
Die Überlebenden diskutieren darüber, ob die Leute aus dem Frachter, diejenigen sind, für die sie sich ausgeben, und spalten sich in zwei Lager: Die Gruppe von Locke, die überzeugt ist, dass ihre vermeintlichen Retter sie töten wollen, und Jacks Gruppe, die glaubt, ihre Rettung sei nahe. In einer Vorblende erhält Hurley Besuch von einem alten Freund und geht zurück in die psychiatrische Anstalt.
Episode 2 - Für tot erklärt
Eine Nachrichtensendung zeigt Aufnahmen vom Flugzeugwrack des Oceanic-Flugs 815 und Rückblenden geben Aufschluss über die vier neuen Leute vom Frachter. Auf der Insel beginnen die Überlebenden die Absichten ihrer angeblichen Retter zu hinterfragen und Locke nimmt eine Geisel, während sich Jack und Kate auf die Suche nach der restlichen Crew machen.
Episode 3 - Der Ökonom
Sayid und Kate machen sich auf, um die Geisel von Locke zu befreien, da sie der Schlüssel dazu sein könnte, von der Insel zu entkommen. Eine Vorblende enthüllt Sayids düstere und zerstörerische Zukunft.
Disc 2:
Episode 4 - Der Deal
Kates Absicht Informationen aus der Geisel Miles herauszubekommen, bringt ihre Stellung bei Locke, aber auch bei Sawyer, in Gefahr. Eine Vorblende bringt große Verwirrung, da Kate in Los Angeles vor Gericht steht.
Episode 5 - Die Konstante
Desmond und Sayid, die per Hubschrauber auf dem Weg zum Frachter sind, haben unterwegs mit etlichen Turbulenzen zu kämpfen. Am Strand sucht Faraday verzweifelt nach seinem Tagebuch und Jack möchte wissen, warum Desmond an schweren Nebenwirkungen leidet.
Episode 6 - Die andere Frau
Juliet erhält einen unwillkommenen Besuch von Harper. Dieser gibt ihr den Befehl von Ben, Charlotte und Faraday aufzuspüren und sie mit allen Mitteln davon abzuhalten, ihre Mission zu erfüllen. In der Zwischenzeit warnt Ben Locke vor einem Aufstand und macht ihm ein verlockendes Angebot.
Episode 7 - Ji Yeon
Sun muss sich ihrer Vergangenheit stellen, als Juliet Jin einige erschreckende Neuigkeiten verrät. Währenddessen bekommen Sayid und Desmond eine leise Ahnung, welche Mission die Frachter-Crew hat, als sie den Kapitän des Schiffs treffen. In einer Vorblende kommt es in Suns Schwangerschaft zu einigen Komplikationen.
Disc 3:
Episode 8 - Mein Name ist Kevin Johnson
Locke verspricht der Gruppe, keine Geheimnisse mehr zu haben und Ben drängt seine Tochter Alex, mit Rousseau und Karl aus Lockes Camp zu fliehen, um sich vor einem bevorstehenden Angriff in Sicherheit zu bringen. Sayid und Desmond konfrontieren Michael auf dem Frachter und erfahren, wie er dort gelandet ist.
Episode 9 - Konturen der Zukunft
Nachdem die mysteriöse Nachricht "14-J" eingetroffen ist, wird Lockes Camp angegriffen. Ben scheitert kläglich bei dem Versuch, seinen Angreifern gegenüber den Spieß umzudrehen. Zur gleichen Zeit macht Jack eine grausame Entdeckung, als eine Leiche an Land gespült wird, und befiehlt Faraday, sich mit dem Frachtschiff in Verbindung zu setzen. In einer Vorblende reist Ben in den Irak und gewinnt einen neuen Geschäftspartner.
Episode 10 - Die Operation
Als Jacks Gesundheitszustand immer kritischer wird, müssen Juliet und Kate lernen zusammen zu arbeiten, um Jack zu retten. Sawyer, Claire, Aaron und Miles machen eine erschreckende Entdeckung im Dschungel. In der Zukunft sieht sich Jack mit einer Person zusammenleben und erhält Besuch von jemanden, den er nicht erwartet hätte.
Episode 11 - Hüttenzauber
Locke findet heraus, wo sich Jacobs Hütte befindet und erhält schreckliche Anweisungen, was er zum Schutz der Insel zu tun hat. Das Leben an Bord des Frachters wird immer gefährlicher für Sayid und Desmond. Rückblenden zeigen verschiedene Momente in Lockes Leben, die andeuten, dass er etwas Besonderes ist.
Disc 4:
Episode 12 - Die Rückkehr - Teil 1
Die sechs Überlebenden, die sich alle quer verstreut auf der Insel befinden, müssen sich schier unlösbaren Problemen stellen. Sun und Jin erreichen den Frachter, während Desmond und Michael eine schockierende Entdeckung machen. Kate und Sayid, die unterwegs sind, um Jack und Sawyer zu helfen, werden plötzlich im Dschungel aufgehalten. Eine Vorblende zeigt die "Oceanic Sechs" wieder mit ihren Familien vereint und eine Pressekonferenz erweckt den Anschein, dass alles nur eine große Täuschung ist.
Episode 13 - Die Rückkehr - Teil 2
Der Streit zwischen den Überlebenden und der Frachter-Crew geht weiter, während "die Anderen" die Söldnertruppe angreifen. Als Ben den sechs Überlebenden die Erlaubnis gibt, den Hubschrauber zu verlassen, rückt ihre Rettung scheinbar immer näher. Ben führt Locke hinunter zur "Orchidee" und lüftet deren mysteriöses Geheimnis. In der Zukunft sind die Sechs in großer Gefahr und werden zur Rückkehr auf die Insel gedrängt.
Episode 14 - Die Rückkehr - Teil 3
Die Rettung der "Oceanis Sechs" ist durch unvorhergesehene Vorkommnisse auf dem Frachter gefährdet und eine folgenschwere Entscheidung wird gefällt. Ben bereitet sich vor, Jacobs Befehle auszuführen und teilt Locke mit, dass er der neue Anführer "der Anderen" ist. Ein Blick in die Zukunft zeigt, wie Jack alles in die Wege leitet, um auf die Insel zurückzukehren und enthüllt außerdem, wer sich in dem Sarg befindet.
Disc 5 & 6:
Bonusmaterial